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Le Monde
Dans le sillage d’Omicron, les singularités de BA.2
Article mis en ligne le 22 février 2022

L’ascension du variant Omicron (B.1.1.529) a été fulgurante dans de nombreux pays. Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, ce nouveau variant du SARS-CoV-2 est aujourd’hui présent dans au moins 67 pays. Ce variant préoccupant est composé de trois sous-lignages désignés BA.1 (majoritaire), BA.2 et BA.3 (très peu détecté). Un sous-groupe de BA.1, dénommé BA.1.1, caractérisé par la présence de la mutation R346K a également été défini.

La surveillance continue de l’évolution d’Omicron dans la population au cours des dernières semaines a révélé que la proportion de son principal lignage, dénommé BA.1, tend à diminuer alors que celle du lignage BA.2 augmente de façon notable.

Quant à BA.1.1, il contient donc par rapport à BA.1 une mutation supplémentaire (R346K), associée à un échappement immunitaire potentiel. Des chercheurs américains de l’université Columbia de New York rapportent que le BA.1.1 représente maintenant environ 30 % des séquences Omicron dans le monde et environ 30 % à 45 % en Afrique du Sud, au Royaume-Uni et aux États-Unis.

Variant majoritaire au Danemark

Le sous-lignage BA.2 est depuis quelques semaines au centre des préoccupations des scientifiques dans la mesure où il tend à remplacer progressivement BA.1 au Danemark, où il représente aujourd’hui plus de la moitié des cas d’infection par Omicron. (...)

Dans son évaluation du risque posé par Omicron, le Statens Serum Institute de Copenhague indique que BA.2 est 30 % plus transmissible que BA.1. De fait, comme l’indique l’Organisation mondiale de la santé (OMS), l’analyse des données génomiques de GISAID montre un avantage de croissance de BA.2 sur BA.1 dans la totalité des 43 pays qui fournissent suffisamment de données de séquences et dans lesquels on observe une co-circulation des deux sous-lignages. (...)

Il est à noter que l’Agence britannique de sécurité sanitaire indiqué avoir détecté un virus recombinant Delta-Omicron. (...)
Reste à savoir si un tel virus recombinant est capable de se diffuser de façon importante (...)