Les récentes informations selon lesquelles les fonctionnaires du ministère de l’énergie et du FBI pensent que la pandémie de COVID-19 est due à une soi-disant fuite de laboratoire semblent avoir fourni toutes les "preuves" dont beaucoup ont besoin. En tant que scientifique ayant dirigé ou contribué à plusieurs études évaluées par des pairs qui racontent une histoire très différente, j’ai observé avec étonnement le fossé grandissant entre ce que la science montre et ce qu’une grande partie du public - et une minorité de la communauté du renseignement - croient. Mais j’ai également observé avec compréhension ceux qui continuent à soupçonner une fuite de laboratoire, car j’ai moi-même commencé par là.
Le noyau de toutes les conjectures sur les fuites de laboratoire - il ne s’agit pas d’une hypothèse unique, mais d’un large éventail de spéculations qui s’excluent parfois mutuellement - a été illustré par l’humoriste Jon Stewart. "Oh, mon Dieu, un nouveau coronavirus respiratoire envahit Wuhan, en Chine - que faisons-nous ? a déclaré Stewart lors d’une apparition en juin 2021 dans l’émission "The Late Show With Stephen Colbert". "Oh, vous savez à qui nous pourrions demander : au laboratoire du nouveau coronavirus respiratoire de Wuhan. La maladie porte le même nom que le laboratoire !"
Stewart n’avait pas le bon nom, mais il faisait référence aux travaux du scientifique chinois Shi Zhengli, dont le laboratoire de l’Institut de virologie de Wuhan étudie effectivement les coronavirus liés au SRAS chez les chauves-souris fer à cheval, le réservoir ultime du virus original du SRAS et du SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19.
Le mois précédant la tirade de Stewart, Science a publié une lettre rédigée par moi-même et plusieurs autres scientifiques, dans laquelle nous affirmions que les hypothèses de fuites de laboratoire ne devaient pas être rejetées prématurément. Deux semaines plus tard, l’administration Biden annonçait un examen de 90 jours des origines de la pandémie par la communauté du renseignement.
Pendant que la communauté du renseignement faisait son travail, j’ai entrepris le mien. Même si je considérais comme plausible une fuite de laboratoire, je pensais néanmoins qu’une origine zoonotique - un passage de l’animal à l’homme - était beaucoup plus probable. À peu près au même moment, la probabilité d’une origine naturelle a été renforcée par un article de scientifiques chinois et britanniques prouvant que des spécimens vivants d’espèces de mammifères ayant précédemment hébergé des virus du SRAS avaient été vendus sur des marchés de Wuhan juste avant le début de la pandémie.
Le travail d’un scientifique consiste à mettre à l’épreuve une hypothèse, à essayer de la falsifier. J’ai mis de côté toutes mes autres recherches pour essayer de falsifier l’hypothèse selon laquelle la pandémie a commencé sur l’un de ces marchés, le Huanan Seafood Wholesale Market, où travaillaient un grand nombre des premiers patients connus atteints du COVID.
J’ai d’abord étudié la possibilité que le laboratoire de Shi ait possédé un virus suffisamment proche du SARS-CoV-2 pour en être le géniteur. Shi avait recueilli dans une mine de la province du Yunnan ce qui était à l’époque le plus proche parent connu du virus pandémique, connu sous le nom de RaTG13.
J’ai demandé à Nature de demander à Shi de publier plusieurs séquences de coronavirus liées au SRAS qui avaient été rapportées dans la revue. Quelques jours plus tard, elle les a fournies. Résultat : aucune preuve irréfutable ; ces séquences étaient toutes beaucoup plus éloignées du SARS-CoV-2 que du RaTG13.
J’ai ensuite entrepris de répondre à une autre question essentielle : Les premiers cas connus de COVID ont-ils été liés au marché de Huanan simplement parce que c’est là que les gens les cherchaient ? Il a été suggéré que le marché était le premier endroit où les cas ont été détectés parce que la Chine se concentrait sur les marchés de vente d’animaux vivants, comme ceux où le SRAS semble être apparu.
Cette hypothèse s’est révélée tout à fait erronée. Aucune surveillance des marchés d’animaux vivants n’a eu lieu à Wuhan avant la pandémie. Des médecins avisés ont reconnu la nouvelle pneumonie virale avant qu’un lien épidémiologique avec le marché de Huanan n’apparaisse. Avant que cette association ne soit faite, plus de la moitié des premiers cas diagnostiqués avaient un lien évident avec le marché - une proportion énorme pour un lieu de travail comptant environ 1 500 employés dans une ville tentaculaire de 11 millions d’habitants. En outre, les deux premières lignées du SRAS-CoV-2, appelées A et B, semblaient être géographiquement liées au marché, comme je l’ai écrit dans Science en novembre 2021.
Mais le fait de cartographier les lieux de résidence des premiers patients connus pourrait-il remettre en question l’hypothèse selon laquelle le marché était l’épicentre de la pandémie ? J’ai trouvé un moyen d’identifier la plupart de ces lieux en superposant différentes cartes à faible résolution tirées d’un rapport de l’Organisation mondiale de la santé. J’ai ensuite fait équipe avec Kristian Andersen, du Scripps Research Institute, qui menait une étude indépendante sur les structures spatiales du marché de Huanan, et nous avons réuni une grande équipe internationale d’experts.
Nous avons découvert que les premiers cas connus de COVID vivaient beaucoup plus près du marché de Huanan et y étaient plus concentrés que ce que le hasard pouvait expliquer. Il est important de noter que cela était vrai même pour les patients qui ont déclaré ne pas avoir travaillé sur le marché, n’y avoir pas fait d’achats et n’avoir pas été en contact avec quelqu’un qui l’avait fait.
Une répartition plus dispersée des premiers cas dans la ville aurait suggéré que le virus était déjà répandu en décembre. Mais le schéma montre clairement que le virus n’a commencé à se répandre que dans la communauté entourant le marché et qu’il ne s’est répandu plus largement dans la ville que plus tard.
Nos analyses ont permis d’établir un lien entre le marché et la lignée B, qui y avait déjà été trouvée, et la lignée A, qui n’y avait pas été trouvée. Juste avant la publication de ces résultats, en février 2022, George Gao et ses collègues ont indiqué que la lignée A était effectivement présente sur le marché de Huanan avant sa fermeture. Cela montre que le marché de Huanan n’était pas simplement le site d’un "événement de super propagation", qui n’aurait amplifié qu’une seule lignée.
À l’intérieur du marché, les surfaces des étals qui vendaient des mammifères vivants ou de la viande étaient plus susceptibles d’avoir été testées positives au SRAS-CoV-2 juste après la fermeture du site. Un étal criblé d’échantillons positifs provenant de surfaces associées à la vente d’animaux, notamment une cage métallique, avait été visité des années auparavant par mon coauteur Eddie Holmes, de l’université de Sydney, qui y avait photographié des chiens viverrins. Cette même espèce figurait parmi les animaux du marché qui ont été testés positifs au virus du SRAS en 2003.
Une étude complémentaire très technique menée par Jonathan Pekar et Joel Wertheim de l’UC San Diego, Marc Suchard de l’UCLA, Andersen et moi-même, s’est appuyée sur plus de 700 des premières séquences génomiques du SRAS-CoV-2. Les arbres évolutifs de ces séquences, combinés aux informations épidémiologiques, montrent que les ancêtres des lignées A et B ont très certainement fait leur apparition dans la population humaine séparément. Nous avons également découvert que l’établissement de ces deux lignées a probablement impliqué environ cinq sauts dans des individus humains, dont la plupart se sont éteints avant de s’implanter. Les analyses de l’"horloge moléculaire" indiquent que les lignées partageaient des ancêtres communs qui existaient vers la mi-décembre 2019, ce qui corrobore les preuves épidémiologiques et géographiques selon lesquelles l’épidémie était largement limitée aux quartiers entourant le marché de Huanan à ce moment-là.
Les deux études, qui ont été publiées dans Science en juillet dernier à la suite d’un examen par les pairs, fournissent des preuves scientifiques irréfutables que le virus responsable du COVID est apparu au moins deux fois sur le marché de Huanan, probablement entre la mi-novembre et le début du mois de décembre 2019. Et bien qu’il puisse sembler étrange à certains que le virus ait sauté deux fois sur le même marché, les recherches sur les élevages de visons et le commerce des animaux de compagnie montrent que lorsque des animaux infectés par le SRAS-CoV-2 sont en contact étroit avec des humains pendant une période prolongée, de multiples sauts inter-espèces sont inévitables.
Et comme nous l’avons montré à l’aide de données de mobilité basées sur les téléphones portables, le marché de Huanan est un lieu extrêmement improbable pour le premier grand groupe de cas de COVID au monde, à moins qu’il ne s’agisse également du lieu d’émergence du virus. Il existe des centaines, voire des milliers d’autres endroits où d’hypothétiques fuites de laboratoire auraient pu déclencher une transmission interhumaine - bars, restaurants, écoles, centres commerciaux - dont certains sont cent fois plus fréquentés que le marché de Huanan. Même un seul événement de ce type à Huanan est profondément improbable ; si l’on ajoute les preuves solides de l’émergence de deux lignées sur le marché, le lien avec le commerce d’espèces sauvages est inévitable.
Fait remarquable, certains rapports récents suggèrent que la nouvelle conclusion du département de l’énergie concernant la fuite d’un laboratoire, dont le niveau de confiance est faible, pourrait indiquer un laboratoire totalement différent situé à proximité du marché de Huanan, le Centre de contrôle et de prévention des maladies de Wuhan, ce qui contredirait directement toutes les spéculations entourant l’Institut de virologie de Wuhan.
Il existe aujourd’hui un grand nombre d’études scientifiques évaluées par des pairs qui confirment l’origine zoonotique de cette pandémie. En revanche, aucune recherche crédible, évaluée par des pairs, n’indique qu’il y a eu une fuite dans un laboratoire. Si les preuves étaient allées dans l’autre sens, je l’aurais signalé. Mais ce n’est pas le cas.
Les "preuves" en faveur d’une fuite de laboratoire consistent essentiellement en des points de discussion discrédités. L’absence d’échantillon positif provenant d’un animal vendu sur le marché de Huanan, par exemple, est censée réfuter l’hypothèse de l’origine marchande. Pourtant, aucun animal vivant n’a été testé sur ce marché avant sa fermeture.
Les partisans de la fuite de laboratoire s’accrochent à l’idée que la présence d’un laboratoire d’étude des virus et l’émergence d’une pandémie de coronavirus dans la même ville ne peuvent pas être une coïncidence. Mais mes collègues et moi-même avons montré en 2021 que ce virus n’allait pas émerger n’importe où en Chine : Il a pris une ville. Les simulations indiquent que lorsqu’un virus ayant les propriétés du SRAS-CoV-2 se transmet à un être humain dans une zone rurale peu peuplée, il ne provoque pas d’épidémie dans 99 % des cas. En revanche, dans une grande ville comme Wuhan, environ un tiers des transmissions de l’animal à l’homme aboutiront à une épidémie.
Nous devrions plutôt nous demander : Quelle est la probabilité qu’une grande ville chinoise comme Wuhan dispose d’un laboratoire menant le type de recherche qui a fait l’objet de soupçons ? La réponse est que la grande majorité des grandes villes chinoises possèdent des laboratoires impliqués dans ce type de recherche. Si le COVID avait vu le jour à Pékin, par exemple, il n’y aurait pas moins de quatre laboratoires de ce type qui feraient l’objet de soupçons.
Je reste ouvert à toute preuve étayant l’hypothèse d’une origine laboratoire de la pandémie. Jusqu’à présent, nous ne disposons pas de telles preuves.