Pour réussir le déconfinement, le gouvernement table sur 700 000 tests virologiques par semaine. L’enquête de la cellule investigation de Radio France montre que cet objectif sera très difficile à atteindre. Révélations sur les véritables chiffres du dépistage, et sur des robots de test chinois installés dans la plus grande improvisation.

"Testez, testez, testez." Depuis le 16 mars 2020, c’est le message très clair martelé par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) dans le cadre de la lutte contre le coronavirus. Mais en France, les retards s’accumulent dans l’organisation de ce dépistage, poussant même le gouvernement à mandater un cabinet privé afin de l’assister "dans le développement des capacités de production nationale" de tests. Le 28 avril 2020, le Premier ministre, annonce "700 000 tests virologiques à partir du 11 mai" et la mise en place de "brigades" dans chaque département, chargées d’identifier les contacts des personnes présentant des symptômes du coronavirus Covid-19. "À la sortie du confinement, nous serons en capacité de massifier nos tests", assure Édouard Philippe. Mais qu’en est-il réellement ?

"Le nombre de dépistages a connu de fortes fluctuations au cours des dernières semaines. Il varie entre 200 000 et 270 000 tests par semaine", assure le ministère de la Santé à la cellule investigation de Radio France. Mais sur quoi reposent ces chiffres ? Difficile de le savoir. L’observatoire Géodes de Santé publique France ne centralise pas et n’actualise pas toujours ces données. Les bulletins épidémiologiques régionaux sont disparates. Santé publique France n’a pas été en mesure de nous donner un chiffre précis. Il n’existe pas de système d’information automatisé. Les manques apparaissent aussi dans les bases de données mondiales comme celle de l’université d’Oxford. La collecte des chiffres relève du parcours du combattant.
Des estimations du nombre de tests incomplètes

Pendant plusieurs semaines, lors de son point quotidien sur la progression de l’épidémie, le directeur général de la santé, Jérôme Salomon, évoquait le nombre de tests réalisés, à l’hôpital et dans les laboratoires de ville. Puis cette mention a disparu. (...)

Quant à l’objectif affiché des 700 000 dépistages hebdomadaires à partir du 11 mai, aucune donnée détaillée ne vient l’étayer. Selon des chiffres disponibles sur le site de Santé publique France, depuis le 24 février, 831 174 tests virologiques ont été réalisés, à la fois dans les hôpitaux publics et dans les laboratoires privés de ville (respectivement 627 464 et 203 710). Un peu plus de 830 000 tests en 10 semaines d’épidémie quand on parle d’en faire 700 000 par semaine, on se dit qu’il va falloir mettre le turbo ! (...)

Selon les données qu’ils publient, les quatre départements bretons ne réalisent qu’une moyenne de 54 tests par semaine depuis le 12 mars ! Dans les faits, corrige l’agence régionale de santé (ARS) de Bretagne, 798 prélèvements hebdomadaires en moyenne ont été analysés dans les laboratoires de ville depuis cette date. Il faudrait donc les prendre aussi en compte. Sauf qu’il est impossible de s’y retrouver dans ces données. Car chacun cuisine son bulletin épidémiologique hebdomadaire à sa façon. Les Bretons comme la région Centre-Val de Loire ne reportent que les tests virologiques positifs. "Tous les systèmes d’information ne sont pas en place et nous devons faire le travail d’enquête quotidien à la main", reconnaît Pascal Durand, directeur du premier recours à l’ARS Occitanie.
Un objectif "difficilement atteignable"

Partout les graphiques en attestent : la montée en puissance des tests n’existe pas. (...)

Ensuite, leur nombre stagne. Depuis le 20 avril, il diminue même chaque semaine, soit le contraire des propos répétés du Premier ministre, Édouard Philippe, et du ministre de la Santé, Olivier Véran. Aujourd’hui, selon notre décompte, la France n’a en fait jamais dépassé les 150 000 tests par semaine. (...)

"J’affirme que dans le privé, on a la capacité de faire plus de 140 000 tests par jour, assure en revanche François Blanchecotte, le président du Syndicat des biologistes. Bien sûr, s’il arrive un foyer de contamination important, on risque de manquer de bras pour prélever dans un temps court beaucoup de personnes. Mais dans mon labo, en Indre-et-Loire, j’ai 100 000 tests dans mes frigos… pour seulement 1 000 demandes par jour à Tours. Je pourrais faire beaucoup plus."
La réquisition tardive des laboratoires non médicaux

Comment en est-on arrivé-là ? Dans un premier temps, seuls les laboratoires hospitaliers avaient été mobilisés. L’épidémie progressant, les laboratoires de ville ont été ajoutés au dispositif. Dès la fin mars, les laboratoires agro-vétérinaires, (ils sont 72 en France), ou encore ceux de la gendarmerie, de la police et les laboratoires de recherche publique sont intégrés au dispositif. Les autorités ont répondu favorablement à la proposition de nombreux biologistes. (...)
"On aurait pu avoir la même approche avec la recherche publique, avoir plus de confiance dans ce que les chercheurs savent faire", estime Pierre-Paul Zalio. "On verra s’ils ont eu raison de faire la fine bouche sur des petites structures qui, mises bout à bout, auraient permis de faire 50 000 tests par semaine", grince un biologiste du CNRS déçu par l’opacité du processus de décision.

Des volontaires recalés

Se passer des petites structures, soit. Mais que dire alors de celles qui ont mis en avant une technique de dépistage massif, mais qui n’a pas encore été homologuée ? 19 200 tests en une fois avec un seul robot : c’est ce que peut par exemple faire l’Institut de génomique humaine de Montpellier. (...)

"La machine fournit le résultat deux jours après", précise Moncef Benkirane pour qui tout laboratoire qui a des capacités de séquençage massif peut suivre cette "recette". Pour la mettre en œuvre, il faut toutefois qu’elle soit homologuée par le CNR-Pasteur, le centre national de référence. Est-ce que cette évaluation sera effectuée rapidement ? Combien de protocoles seront sur la ligne d’arrivée ? Contacté, l’Institut Pasteur n’a pas été en mesure de nous répondre.

Une fois ce sésame obtenu, il faudra encore convaincre le ministère de la Santé d’accepter cette méthode très éloignée de la PCR faite par les biologistes médicaux avec des kits tout prêts. (...)

"Les décisions sont certes compliquées à prendre, regrette Pierre-Paul Zalio, à la tête de l’ENS Paris-Saclay, mais notre système français est très bureaucratique et manque de capacité à décider vite. Il y a de la latence, de l’opacité, des enjeux de territoires institutionnels. C’est dommage."

Les laboratoires vétérinaires peu sollicités (...)

Des robots chinois commandés en urgence

Pour tenter d’atteindre cet objectif de 700 000 tests par semaine, la France s’est notamment tournée vers la Chine. C’est ainsi que fin mars, vingt machines ont été commandées par la direction générale de la Santé, au nom de l’État français, à la société MGI qui appartient au groupe chinois BGI (Beijing Genomics Institute). Ces robots chinois sont des machines haut-débit MGISP-960 qui permettent d’effectuer plus de 2 000 tests de dépistage par jour, en augmentant le débit d’extraction des acides nucléiques dans les échantillons à analyser. Selon nos informations, dix-neuf sites ont été choisis pour recevoir ce matériel (l’AP-HP ayant reçu deux machines) (...)

Ce matériel a-t-il été fourni gratuitement à ces laboratoires privés ? Comment les tests effectués sur ces machines chinoises seront ensuite facturés ? Interrogé sur le sujet, le ministère de la Santé botte en touche : "Deux de ces vingt automates sont effectivement implantés dans des laboratoires de biologie médicale privés accrédités, qui font partie intégrante de notre système de santé et qui contribuent à l’effort national de dépistage." "Nous n’avons rien facturé aux laboratoires privés. Les vingt robots ont été achetés par le gouvernement français", nous précise, de son côté, la représentante en France de MGI, Perla El Hage. "Il n’y a aucune transparence dans ce dossier", s’inquiète de son côté le président du Syndicat des biologistes, François Blanchecotte.

Selon nos informations, l’achat s’est effectué par tranche de dix machines. (...)
Combien coûte un tel matériel ? "Il [ne nous] appartient naturellement pas d’entrer dans le détail de la relation contractuelle qui [nous] unit à [nos] fournisseurs", nous répond le ministère de la Santé. (...)

la société chinoise a présenté à certains CHU un devis affichant un prix de vente de "121 400 euros" par machine avec une proposition finale de vente à "103 190 euros". Soit une facture théorique totale de plus de deux millions d’euros pour les vingt extracteurs, sans compter le matériel associé au dépistage. "Le coût de ce type de système chez des marques occidentales oscille plutôt entre 150 000 et 200 000 euros, en fonction des options que vous prenez", confie un bon connaisseur du milieu.

Une machine qui "nous est tombée dessus"

Sur le papier, tous les robots chinois sont en place. "Les dernières livraisons se sont achevées fin avril et les dernières installations la semaine du 4 mai, à Marseille et Orléans", nous précise MGI. Mais l’installation de ces machines s’est effectuée dans des conditions très différentes, selon les établissements. Le CHU de Dijon a fait partie de la première vague à recevoir ce robot chinois, le 3 avril 2020. "Avec cette machine, nous avons la capacité de monter en charge jusqu’à 2 000 tests par jour, en fonctionnant 24 heures sur 24, sept jours sur sept, explique le chef de service au laboratoire de virologie du CHU de Dijon, Alexis de Rougemont, dont l’établissement effectue pour le moment 400 dépistages par jour. Mais les demandes de dépistage sont actuellement en dessous de nos capacités." (...)

Si certains hôpitaux importants comme à Lyon ou à Lille mettent en avant leur "force de frappe" en matière de dépistage grâce à la technologie chinoise, la situation n’est pas si rose partout. "Cette machine nous est un peu tombée dessus", témoigne ainsi le chef du service du laboratoire de virologie au CHU de Rennes, Vincent Thibault. Le 1er avril 2020, il reçoit un mail de son administration lui indiquant que "la cellule de crise interministérielle vient d’affecter un extracteur MGI à l’ARS de Bretagne, qui le propose au CHU de Rennes, via sa cellule de crise. Notre réponse est attendue le plus vite possible."

"J’ai été un peu été obligé d’accepter, poursuit le Pr Thibault, surtout que le CHU de Brest avait auparavant décliné la proposition." La machine est livrée le 7 avril, mais il faut attendre les 27 et 28 avril pour qu’elle soit véritablement mise en route par un ingénieur chinois venu sur place. Du personnel a été formé la semaine du 4 mai (soit une semaine avant le début du déconfinement) afin de faire tourner une machine qui impose la réorganisation à marche forcée du CHU de Rennes (...)

Un mode d’emploi inconnu des Français

"Cette machine chinoise n’a pas nos standards de qualité et de fonctionnement, s’agace Vincent Thibault, au CHU de Rennes. On nous a envoyé une machine et un fournisseur qu’on ne connaissait pas. Si on m’avait donné le budget débloqué pour cette plateforme, j’aurais pu mettre en place quelque chose de beaucoup plus fiable et maîtrisé." (...)

On a l’impression qu’une décision a été prise par des technocrates qui n’ont jamais mis les pieds dans un laboratoire et qui se sont dit : ’Comme il faut faire 700 000 tests par semaine, on va balancer 20 automates à des hôpitaux.’ D’autres solutions étaient possibles pour arriver à 2 000 tests quotidiens.Pr Vincent Thibault, CHU de Rennesà franceinfo (...)

Une trentaine de techniciens ont finalement été recrutés pour faire fonctionner la machine chinoise au CHU de Poitiers. "Il a fallu acquérir de nombreux matériels en amont et en aval de l’automate MGI pour en combler les carences, poursuit Nicolas Lévêque. Il a également fallu connecter informatiquement les différents automates tout en n’ayant aucune certitude quant au circuit du prélèvement. Qui prélève ? Comment le prélèvement arrive au laboratoire ? Comment on enregistre informatiquement ces prélèvements et comment le résultat revient au médecin prescripteur et au patient ? Tout n’est pas encore réglé. À partir du 11 mai, nous allons monter en charge progressivement : entre 400 et 600 tests par jour au début avec une puis deux équipes qui vont se succéder de 11 h à 2 h du matin… sans certitude de pouvoir atteindre les 2 000 tests annoncés sur le papier."

"À Toulouse, l’installation s’est bien passée parce je faisais ce métier-là avant, témoigne l’ingénieur biomédical Bruno Dogny qui a participé à la mise en place du matériel. Je travaillais dans une société japonaise qui fabriquait des robots de ce type-là donc j’ai retrouvé mes vieux réflexes ! La société nous a donné le mode d’emploi du matériel. Un ingénieur chinois s’est déplacé une demi-journée pour vérifier que le robot fonctionnait correctement. D’autres CHU ont sans doute été plus pris au dépourvu que nous."
Une livraison "rock n’roll"

À Bordeaux, c’est le 9 avril que la décision est prise par la direction générale de la Santé (DGS) d’envoyer sur place une machine d’extraction chinoise, livrée deux semaines plus tard. Les conditions d’acheminement du matériel ont été "un peu rock n’roll", se souvient Agnès Georges-Walryck, chef du pôle de biologie et pathologie au groupe hospitalier Sud du CHU de Bordeaux. "Nous avions des informations contradictoires entre la DGS et le commercial de la société chinoise, poursuit Agnès Georges-Walryck. (...)

Cette machine est-elle prête à l’utilisation ? "La mise en route de cette machine ne se fait pas en un claquement de doigt, répond la chef du pôle de biologie du CHU de Bordeaux. Nous espérons la faire démarrer à partir du 11 mai, en sortie de confinement. Jusqu’à présent, faute de demande, nous sommes bien en dessous de nos possibilités avec 300 tests par jour. Nous allons peut-être monter à 1 000. Avec l’extracteur chinois, en pleine production (24 heures sur 24, 7 jours sur 7), nous pourrons faire jusqu’à 2 400 tests par jour. Mais on ne va pas tourner à ce niveau-là dès le 11 mai."

"Nous avions une capacité de 600 tests par jour, donc tout ce qui pouvait améliorer le flux était le bienvenu, estime le responsable du laboratoire de virologie du CHU de Montpellier, Vincent Foulongne. Au départ, ce système nous avait été présenté comme une plateforme de diagnostic haut-débit. On a été un peu surpris quand on s’est rendu compte qu’il ne s’agissait en fait que d’un extracteur. Il a fallu construire la chaine tout autour, en amont et en aval. Finir le ’légo’ en quelque sorte. Techniquement, ça fonctionne. Nous allons recruter un ou deux techniciens chaque semaine pour monter en gamme et faire tourner le système. Actuellement nous avons en stock de quoi faire 20 000 tests avec des promesses de réapprovisionnement en consommables dès la semaine prochaine." (...)

Des robots, mais pas de "consommables" ?

"Sur les livraisons, c’est un peu la galère, témoigne Benoît Dogny qui a participé à l’installation du système au CHU de Toulouse. Au début, la société chinoise nous a dit qu’il n’y aurait pas de souci, que c’était du ’clé en main’, qu’on aurait les consommables, les écouvillons, les réactifs à hauteur de 2 000 tests par jour. C’était justement cette disponibilité qui nous faisait défaut avec les deux plateformes de dépistage que nous possédions déjà, une américaine et une française, si nous voulions atteindre les 2 000 tests par jour. Même avec nos 400 tests par jour on était déjà sur la corde raide. Mais en fait, on a eu le même problème avec la société chinoise. Certes, sur les kits de PCR, ils arrivent à suivre, on a assez de stock pour faire 60 000 dépistages. Par contre, on n’a que 20 000 écouvillons en stock, et en plus ils ne sont pas naso-pharyngé, ce sont des écouvillons pour la gorge, beaucoup plus gros et moins faciles à utiliser. Le problème c’est que c’est aussi un robot qui a énormément besoin de consommables par rapport à ceux qu’on a l’habitude d’utiliser. Et ça, ils n’arrivent pas à nous les fournir. Là, on a de quoi tenir une semaine, si on veut faire 2 000 tests par jour. La société chinoise n’arrive pas à suivre parce qu’elle a certainement eu les yeux plus gros que le ventre." (...)

L’Élysée dans la boucle

"Ces machines ont été envoyées aux mauvaises personnes au mauvais moment, estime de son côté le chercheur au CNRS Philippe Froguel, directeur de la plateforme de génomique Ligan, à Lille, et responsable de l’Institut européen de génomique du diabète (EGID). Il aurait fallu faire ça bien avant, et ne pas mettre tous nos œufs dans le même panier. C’est de la gabegie de fonds publics. Quand Olivier Véran réunit tous les professionnels du test à la mi-mars, cette société chinoise n’est même pas autour de la table puisqu’elle ne dispose alors d’aucune équipe en France, c’est quand même incroyable. Dès la fin mars, le gouvernement savait qu’il ne s’en sortirait pas pour les tests. C’est pour ça qu’ils se sont tournés vers les Chinois." (...)

Un robot destiné à Lille se retrouve à Amiens (...)

Quand cette machine sera-t-elle livrée au CHU d’Amiens ? "Dans la semaine du 11 mai, nous assure MGI. Elle n’est pas encore partie de Chine, ça va dépendre des vols." "Une fois qu’on l’aura reçue, il faudra encore une semaine avant qu’elle ne soit opérationnelle… dans le meilleur des mondes", estime la responsable du laboratoire de virologie au CHU d’Amiens, Sandrine Castelain.
"Un immense gâchis"

Faute de robot chinois, Phippe Froguel s’est fait prêter un robot de démonstration de la société américaine PerkinElmer qu’il connait bien (...)

Le 6 mai 2020, Philippe Froguel envoie un mail à l’Élysée et au ministère de la santé dans lequel il se dit "scandalisé" que le robot chinois qu’on lui a refusé "ne soit toujours pas installé à Amiens".

"Les difficultés de livraison depuis la Chine sont terribles. Le premier avion disponible est le 14 mai", lui répond un conseiller élyséen (...)