Comptant parmi les plus menacés d’Europe, 216 types d’habitats et 1 180 espèces végétales et animales ont été identifiés comme relevant de l’intérêt communautaire par la directive « Habitats, Faune, Flore ». En vertu de celle-ci, les Etats membres sont, en outre, tenus de réaliser tous les 6 ans une évaluation de l’état de conservation de ces milieux. Couvrant la période 2001 – 2006, la première évaluation de l’état de conservation des habitats et d’espèces vient d’être achevée par les États membres.

...Concernant 131 habitats et 290 espèces en France, non cantonnés au réseau Natura 2000, les conclusions de la première évaluation de l’état de conservation des habitats et des espèces ne sont guère encourageantes...

...les trois quarts des habitats concernés par la directive sont en situation défavorable contre 17 % présentant un état favorable, 6 % relevant d’un état inconnu.

Avec 53 % d’habitats naturels classés en mauvais état, la région Atlantique est la zone biogéographique la plus préoccupante.

...D’une manière générale, les habitats marins et côtiers, les dunes, les tourbières, les bas-marais et les habitats d’eaux représentent les milieux les plus dégradés.

...Parmi les vertébrés, les amphibiens sont le groupe le plus menacé, totalisant 55 % d’évaluations « mauvaises ». Mais, avec deux tiers d’évaluations défavorables, les poissons s’avèrent également très affectés.
Concernant les invertébrés, la situation se révèle très défavorable pour les crustacés et les mollusques. Parmi les insectes, les libellules et les papillons sont les plus fragilisés, avec respectivement 48 % et 31 % d’évaluations « mauvaises ». Leur cycle larvaire s’effectuant dans l’eau, les libellules dépendent, en effet, d’habitats aquatiques et humides, généralement en mauvais état de conservation.