La surveillance des eaux usées pourrait être un moyen moins coûteux et plus rapide pour suivre les infections et les tendances de mutation du SRAS-CoV-2 au sein d’une communauté, selon une nouvelle étude publiée dans Scientific Reports.

Au cours de l’année dernière, la surveillance des eaux usées a été utilisée dans le monde entier pour dépister les infections au COVID-19 au sein d’une communauté et pour suivre les tendances de l’infection. Cependant, peu d’études ont utilisé les eaux usées pour dépister systématiquement les variants en circulation.

Rabia Johnson et ses collègues du Conseil Sud-Africain de la Recherche Médicale (SAMRC) et d’organisations affiliées ont utilisé l’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) pour suivre la distribution géographique des variants Alpha, Beta et Delta dans des échantillons d’eaux usées brutes prélevés pendant 16 semaines (mai-juillet 2021) dans 24 stations de traitement des eaux usées (WWTP) du Cap-Occidental en Afrique du Sud.

L’analyse génotypique du SRAS-CoV-2 par RT-qPCR (polymerase chain reaction quantitative en temps réel) a révélé que 50 % des échantillons d’eaux usées contenaient des mutations spécifiques du variant Beta avant la troisième vague, alors que le variant Delta n’était pas encore apparu dans cette population.

Les chercheurs ont fait remarquer que le séquençage de nouvelle génération est coûteux pour identifier et profiler les nouveaux variants, mais qu’en effectuant une surveillance hebdomadaire des eaux usées, ils ont pu identifier et déterminer l’émergence du variant qui a provoqué la troisième vague en Afrique du Sud. (...)